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屠强


屠强,博士,研究员,博士生导师
 

工作经历
 
        2014 - 至今   中科院遗传发育所,研究员 
  
        2013 - 2014   美国加州理工学院,Member of the Professional Staff (校级学术委员会批准) 
  
        2010 - 2013   美国加州理工学院,Senior Research Fellow (Voting Faculty) (校级学术委员会批准) 
  
        2004 - 2010   美国加州理工学院,博士后 
  
        2003 - 2004   中科院蛋白组分析中心,研究助理

   
   

学习经历
   
        2003 博士  中科院生化细胞所 
   
        2000 硕士 复旦大学
   
        1997 学士 安徽师范大学
   



研究兴趣
        我们的研究领域是developmental systems biology. 我们试图理解在复杂发育生物学系统里所有组分相互作用的宏大图景。更具体地说,我们的研究聚焦于控制发育、再生和疾病的 基因调控网络 (gene regulatory networks, GRNs) 。为什么要研究基因调控网络呢?因为单独一个基因无法控制一个生物学过程,不管它有多重要。要理解生物学调控机制不能只关注一个基因,而要关注所有相关基因;也不仅仅只是基因本身,更重要的是它们之间的相互因果逻辑关系。
 
 
 
 
 
        我们采用整合了实验和计算的研究策略, 包括基因组、表观组、单细胞分析、基因功能干扰和生物信息学等多种手段。对一个生物学过程,我们鉴定出所有相关基因,测量其在不同时空下的活性,干扰它们的功能,定量测量产生的变化,最后利用生物信息学将所有这些信息整合成知识。我们也开发对我们研究至关重要的新方法。目前,我们正试图阐明控制性别决定、分化以及生殖细胞发育的基因调控网络。
 
 
 
 
        我们实验室采用的模式动物是斑马鱼和青鳉。斑马鱼 (Danio rerio) 是生命科学中最重要的模式动物之一。这些来自热带的小鱼容易养殖,发育早期身体透明,因此被广泛用于多个研究领域。青鳉 (Oryzias latipes) 也是一种小型淡水鱼,产自东亚。我们在实验室附近的奥林匹克森林公园里就发现过这种小鱼。和斑马鱼相比,青鳉具有很多独特的遗传和生理性质。青鳉生活在小溪和稻田里,可以忍受非常广的温度 (4 - 40℃) 和盐度。特别重要的是,青鳉具有性染色体,其性别决定机制正在被深入研究。青鳉正在成为另一个重要的脊椎动物模型,被用于遗传学、发育生物学、生物医学和环境科学等多个领域。 
 
 
 

发表文章
 
  • Li Y*, Yang HZhang HLiu YShang HZhao HZhang TTu Q#. 2020. Decode-seq: a practical approach to improve differential gene expression analysis. Genome Biol 21: 66. [ DOI ]
  • Barsi JC*, Tu Q*, Calestani C, Davidson EH. 2015. Genome-wide assessment of differential effector gene use in embryogenesis. Development 142: 3892–3901. [ PDF | Website ]
  • Barsi JC*, Tu Q*, Davidson EH. 2014. General approach for in vivo recovery of cell type-specific effector gene sets. Genome Res 24: 860–868. [ PDF | Website ]
  • Tu Q, Cameron RA, Davidson EH. 2014. Quantitative developmental transcriptomes of the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus. Dev Biol 385: 160-167. [ PDF | Website]
  • Tu Q, Cameron RA, Worley KC, Gibbs RA, Davidson EH. 2012. Gene structure in the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus based on transcriptome analysis. Genome Res 22: 2079–2087. [ PDF | Website ]
  • Oliveri P*, Tu Q*, Davidson EH. 2008. Global regulatory logic for specification of an embryonic cell lineage. Proc Natl Acad Sci USA 105: 5955-5962. [ PDF | PNAS Feature Article| PNAS Comment | F1000 Comment ]
  • Tu Q, Brown CT, Davidson EH, Oliveri P. 2006. Sea urchin Forkhead gene family: Phylogeny and embryonic expression. Dev Biol 300: 49-62. [ PDF ]
  • Howard-Ashby M, Materna SC, Brown CT, Tu Q, Oliveri P, Cameron RA, Davidson EH. 2006. High regulatory gene use in sea urchin embryogenesis: Implications for bilaterian development and evolution. Dev Biol 300: 27-34.
  • Samanta MP, Tongprasit W, Istrail S, Cameron RA, Tu Q, Davidson EH, Stolc V. 2006. The transcriptome of the sea urchin embryo. Science 314: 960-962.
  • Tu Q, Tang H, Ding D. 2004. MedBlast: searching articles related to a biological sequence. Bioinformatics 20: 75-77.
  • Tu Q, Ding D. 2003. Detecting pathogenicity islands and anomalous gene clusters by iterative discriminant analysis. FEMS Microbiol Lett 221: 269-275.
  • Tu Q, Yu L, Zhang P, Zhang M, Zhang H, Jiang J, Chen C, Zhao S. 2000. Cloning, characterization and mapping of the human ATP5E gene, identification of pseudogene ATP5EP1, and definition of the ATP5E motif. Biochem J 347: 17-21.
  • Zheng L, Yu L, Tu Q, Zhang M, He H, Chen W, Gao J, Yu J, Wu Q, Zhao S. 2000. Cloning and mapping of human PKIB and PKIG, and comparison of tissue expression patterns of three members of the protein kinase inhibitor family, including PKIA. Biochem J 349: 403-407.
  • Lang T, Yu L, Tu Q, Jiang J, Chen Z, Xin Y, Liu G, Zhao S. 2000. Molecular cloning, genomic organization, and mapping of PRKAG2, a heart abundant gamma2 subunit of 5'-AMP- activated protein kinase, to human chromosome 7q36. Genomics 70: 258-263.
  • 屠强. 1997. 植物分类学工具软件 (PTT) 的设计. 安徽师大学报 (自然科学版) 20: 189-193.